上海药谷药业有限公司创建于2001年3月，是上海中药创新研究中心的窗口单位。上海中药创新研究中心是在国家科技部、上海市人民政府的支持下，由上海市科学技术委员会、上海市浦东新区政府、上海市张江高科技园区开发公司共同组建、于2000年4月成立的中药现代化研究和开发机构，是国家“中药现代化（上海）创新中心”的依托单位，是国家级中药现代化专业孵化器之一。

上海药谷药业有限公司依托于上海中药创新研究中心的研发力量，本着“中药为源，西药为用，健药兼顾，中西并重”的研发理念开发现代创新中药。从事与医药事业发展有关的植物药研究、生物医药研究、保健食品、化工原料及化学试剂（除危险品）、计算机软件技术研究、咨询、开发及销售。并于2004年6月实施重组，现成为张江园区自主培育的生物医药骨干企业。


上海药谷药业有限公司的名誉董事长、首席科学家为惠永正教授，惠永正教授是原国家科学技术委员会副主任、科技部副部长、全国人大代表，我国中药现代化计划的奠基人和创始人，在糖化学领域有着重要的国际地位，是上海有机化学研究所研究员、博士生导师，第三世界科学院院士，培养了数以百计的硕士、博士生，研究成果多次获自然科学奖和国家科技进步奖等。

上海药谷药业有限公司董事长为丁永岳先生，常务总经理为上海中药创新研究中心副主任吴伟泳教授。

上海药谷药业有限公司不仅具有一支创新能力很强的管理及科研开发队伍，并拥有多名院士组成的科学委员会，还依托上海中药创新研究中心、立足上海、面向全国开展技术服务、项目孵化服务。